การควบคุมดูแลบ่อบำบัดจำเป็นต้องใช้ผู้เชี่ยวชาญเฉพาะทางมีความรู้ความสามารถในการตรวจสอบคุณภาพน้ำด้วยวิธีการที่ถูกต้อง ภายใต้ห้องปฏิบัติการที่ได้มาตรฐาน เพื่อให้ได้ซึ่งสภาวะที่เหมาะสมในการควบคุมการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ภายในระบบบำบัด จากผลการตรวจคุณภาพน้ำภายใต้มาตรฐานตามข้อกำหนดของภาครัฐ เราจะนำมาใช้เป็นข้อมูลในการออกแบบเพื่อให้ได้ระบบที่มีความเหมาะสมต่อสภาพงานที่มีความแตกต่าง กันไปตามรูปแบบของเสียที่ถูกปล่อยออกมา